Eπιπλέον στοχεύει στον σχεδιασμό και την υλοποίηση ενός πλαισίου συνεκτικών δράσεων τόσο για τον εντοπισμό και την καταστολή πράξεων διαφθοράς όσο και για την πρόληψη κι αποτροπή αυτών. Οι Μονάδες Εσωτερικού Ελέγχου, αποτελούν κρίσιμες συνιστώσες διακυβέρνησης τόσο του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, όσο και του Λιμενικού Σώματος - Ελληνικής Ακτοφυλακής, καθώς συμβάλλουν με την ελεγκτική και συμβουλευτική τους αρμοδιότητα, στη διασφάλιση της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης, την υιοθέτηση δικλείδων ασφαλείας, την πρόληψη και καταπολέμηση φαινομένων διαφθοράς και τονώνουν την εμπιστοσύνη, τη λογοδοσία και τη διαφάνεια.
Όπως υπογράμμισε ο Υπουργός Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής κ. Γιάννης Πλακιωτάκης, «το πλαίσιο της συνεργασίας μας με την Εθνική Αρχή Διαφάνειας περιλαμβάνει ένα πλέγμα δράσεων κατάρτισης και παροχής συμβουλευτικών υπηρεσιών, προτυποποίησης λειτουργιών και μεθοδολογικών εργαλείων διενέργειας εσωτερικού ελέγχου και υιοθέτησης κωδίκων δεοντολογίας».
