Κατά προτεραιότητα ολοκληρώνεται ο φορολογικός για:
α) Υποθέσεις που αφορούν σε εκθέσεις έρευνας των Υ.Ε.Δ.Δ.Ε..
β) Υποθέσεις που αφορούν σε πορισματικές εκθέσεις που διαβιβάζονται στην Α.Α.Δ.Ε. από τη Διεύθυνση Ερευνών Οικονομικού Εγκλήματος
γ) Υποθέσεις που αφορούν σε επιστροφές φόρων.
δ) Υποθέσεις που αφορούν σε έλεγχο βάσει δείγματος, σύμφωνα με τα ειδικότερα οριζόμενα σε διατάξεις και αποφάσεις (όπως δικαιούχων που έτυχαν επιστροφής Φ.Π.Α., καθώς και δικαιούχων νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων που έτυχαν επιστροφής φόρου εισοδήματος, χωρίς έλεγχο).
ε) Υποθέσεις για τις οποίες έχει εκδοθεί σημείωμα διαπιστώσεων με τα αποτελέσματα του φορολογικού ελέγχου και προσωρινός προσδιορισμός φόρων και προστίμων κατά τη δημοσίευση της σχετικής απόφασης
στ) Υποθέσεις για τις οποίες επίκειται η έκδοση σημειώματος διαπιστώσεων και προσωρινού προσδιορισμού φόρου και προστίμου, συνεκτιμώντας αιτιολογημένα στο Ο.Π.Σ. Elenxis
ζ) Υποθέσεις που προέκυψαν από εισαγγελικές παραγγελίες, εντολές ανακριτικών και προανακριτικών πράξεων, περιλαμβανομένων αιτημάτων και εντολών διενέργειας φορολογικών ελέγχων που έχουν προκύψει από εντολή οποιασδήποτε Εισαγγελικής ή Δικαστικής Αρχής και διατηρούνται στην Α.Α.Δ.Ε. βάσει
η) Υποθέσεις των Δ.Ο.Υ και Υ.Ε.Δ.Δ.Ε. που αφορούν σε διενέργεια μερικού επιτόπιου ελέγχου διαπίστωσης της εκπλήρωσης των φορολογικών υποχρεώσεων, της τήρησης των βιβλίων και της έκδοσης των φορολογικών στοιχείων, για φορολογουμένους που ασκούν οποιαδήποτε δραστηριότητα ή διακινούν αγαθά.
θ) Υποθέσεις που αφορούν σε διασταυρωτικούς ελέγχους ενδοκοινοτικών συναλλαγών (VIES), υποθέσεις πολυμερών (ταυτόχρονων) ελέγχων που διενεργούνται από ελληνικές και αλλοδαπές φορολογικές αρχές, υποθέσεις διενέργειας ελέγχου στο πλαίσιο επανάληψης διαδικασίας καθώς και σε εκτέλεση προδικαστικής απόφασης, υποθέσεις που αφορούν σε επιβολή προστίμων, και υποθέσεις που αφορούν σε ανακλήσεις αδειών λειτουργίας γραφείων ή υποκαταστημάτων αλλοδαπών εταιρειών που έχουν εγκατασταθεί στην Ελλάδα
ι) Υποθέσεις αμοιβαίας διοικητικής συνδρομής κατόπιν αιτήματος,
ιβ) Υποθέσεις που εκπληρώνουν τους επιμέρους τιθέμενους επιχειρησιακούς στόχους ελέγχου
ιγ) Υποθέσεις που εκπληρώνουν τους επιμέρους τιθέμενους επιχειρησιακούς στόχους ελέγχου ειδικών κατηγοριών φορολογουμένων,. και δεν διενεργήθηκαν εντός του έτους 2019.
Οι έλεγχοι λαμβάνονται υπόψη στη στοχοθεσία του πλήθους των ελέγχων, πλην αυτών των ως άνω περιπτώσεων (η) και (ια).
